成为神的天野雪辉在二周目世界寻找复活我妻由的方法。
在成为新世界的神之后，天野雪辉虽然创造了一个和平的世界，却永远失去了我妻由。孤独统治世界多年的他，发现了穿越回过去的方法，决心改变由的命运。然而时空穿越引发了连锁反应，导致原本已经结束的未来日记游戏重新启动，新的参与者加入这场生存竞争。雪辉必须在保护由的同时，应对来自其他日记持有者的威胁，并面对一个惊人的真相：有些命运即使作为神也难以改变。最终他找到了一个既拯救由女又不破坏世界平衡的方法，但代价是他自己的存在。
对原作的完美补充，时空设定复杂但逻辑自洽。雪辉和由女的感情线得到圆满解决，结局既甜蜜又带着一丝哀愁。