被选召的孩子们面临记忆被篡改的危机，伙伴关系岌岌可危。
数码世界与现实世界的边界开始模糊，被选召的孩子们发现自己的记忆出现了问题——他们开始忘记与数码宝贝伙伴的重要回忆。太一和大和之间的关系因理念不同而变得紧张，而芽心因为缅因猫兽的失控而陷入深深的自责。最糟糕的是，阿尔法兽的出现带来了绝对毁灭的威胁。面对记忆被篡改和伙伴关系的破裂，被选召的孩子们必须重新确认彼此之间的羁绊，才能拯救两个世界。
对成长痛苦的描绘比前作更加深刻，记忆丧失的主题增加了情感冲击力。数码宝贝与搭档之间的关系面临前所未有的考验，令人揪心又感动。